纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触仅杀死了那个暴龙，还杀死了申屠信，你不知道申屠信是什么身份吗？他是神山区的镇守大将，他一死，不仅神山区十万大军群龙无首，还会引起社会的恐慌，这些你都想过吗？了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
